Program Tahfidzul Qur’an merupakan program unggul di Pondok Pesantren Ath-Thohiriyyah dibawah naungan pengasuh Abuya KH. Toha ‘Alawy Al-Hafidz bersama Ibu Ny. Hj. Tasdiqoh Al-Hafidzoh. Keduanya memiliki sanad keilmuan Al-Qur’an yang menyambung sampai Rasulullah SAW. dari para Habaib, Sayyid, Masayikh, ‘Alim ‘Alamah, dan Poro Yai yang terkenal, diantaranya : Simbah KH. Muhammad Munawwir bin ‘Abdillah Al-Rasyad (Krapyak, Jogja), Simbah KH. Mufid Mas’ud (Pandanaran, Jogja), Simbah KH. Arwani Amin (Kudus), Simbah KH. Sholeh Darat (Semarang), Simbah KH. ‘Abdul Wahid (Rembang, Demak), Simbah KH. ‘Umar bin ‘Abdil Manan (Solo), Simbah KH. ‘Abdul Mu’id (Tempursari, Klaten), Simbah KH. Muhammad Kholil (Bangkalan), dan Abuya Sayyid Muhammad bin ‘Alawy Al-Maliki Al-Hasany Al-Makky.
Model pembelajarannya meliputi :
- Pra Tahfidz
- Setoran Juz ‘Amma, bersama tutor
- Setoran Do’a-do’a, bersama tutor
- Setoran 7 Surat Penting (Al-Kahfi, Yaasin, Al-Sajdah, Ad-Dukhan, Ar-Rahman, Al-Waqi’ah, dan Al-Mulk), bersama Nawaning/Gawagis.
2. Tahfidz
- Setoran Ziyadah, bersama Abuya dan Ibu di waktu sore hari (ba’da Ashar)
- Setoran Muroja’ah, bersama Abuya, ibu, dan Nawaning di waktu malam hari (ba’da Isya)
- Tartilan, bersama Abuya setiap malam selasa (ba’da Isya)
- Halaqah, bersama teman sekelompok setiap hari Jum’at dan Ahad (ba’da Shubuh)
3. Ihtitam (setiap satu tahun sekali) meliputi : Juz ‘Amma Juz 30, Bin Nadzri 30 Juz, dan Bil Ghaib 30 Juz.
